Eines Tages teilt der Pumuckl dem Schreinermeister Eder mit, dass er ihn verlassen möchte, um auf einem Donauschiff den blauen Klabauter kennenzulernen, der ihm per Möwe ausrichten ließ, dass er ihm das Zaubern beibringen möchte. Meister Eder hält das zunächst für eine Spinnerei von Pumuckl. Zufällig kommt auch noch Frau Riedinger, eine Kundin von Herrn Eder, in die Werkstatt und erzählt, dass sie eine Donau-Schifffahrt von Passau nach Wien machen wird. Am nächsten Morgen fährt Pumuckl also unsichtbar zusammen mit Frau Riedinger nach Passau und geht mit ihr an Bord des Donau-Dampfers.

Dann trifft Pumuckl auf den blauen Klabauter, der auf dem Meer seekrank wird und deshalb auf einem Flussdampfer fährt. Dieser teilt ihm mit bösen Absichten mit, dass er ins Wasser springen müsse, wenn er Zaubern lernen wolle.

Währenddessen in München fühlt sich Meister Eder sehr einsam, seit der Pumuckl weg ist. Sandra und Thomas, die Enkelkinder von Eders Stammtischfreund Schmitt, möchten für Meister Eder den Pumuckl zurückholen. Deshalb nehmen sie Pumuckls Bett mit und reisen zu ihrer Tante nach Wien, um es dort auf dem Donauschiff aufzustellen und ihn zur Heimkehr zu bewegen.